近亲（或称亲缘关系）是指三代或三代以内有共同的祖先。如果他们之间通婚，称为近亲婚配。近亲婚配的夫妇有可能从他们共同祖先那里获得同一基因，并将之传递给子女。如果这一基因按常染色体隐性遗传方式，其子女就可能因为是突变纯合子而发病。因此，近亲婚配增加了某些常染色体隐性遗传疾病的发生风险。近亲婚配使子女中得到这样一对纯合或相同基因的概率，称为近婚系数 (inbreeding coefficient, IF)。
近亲结婚对后代的危害有哪些?
遗传病发病率增加
近亲结婚中遗传发病的机会特别明显，因为他们来自同一祖先，共同的基因比较多。可以说，近亲结婚是某些遗传病发生和延续的“土壤”，例如肝豆核变性这种遗传病，一般夫妻的后代患病率仅为四百万分之一，而在表兄妹结婚的后代中竟高达1/64。
先天性残疾的发生率增加
患先天性遗传病的人，其父母为近亲结婚的比率占37.5%。近亲婚配所生婴儿的先天性残疾患病率为41.6%。近亲结婚不仅常染色体隐性遗传病的发病率高，多基因遗传病的发病率也高，例如精神分裂症、先天性心脏病、神经管畸形等。
体弱儿、弱智儿的发病率增加
近亲结婚所生子女中，体弱儿、弱智儿的发病率及新生儿、乳幼儿的死亡率均比非近亲结婚者高1-2倍。一些遗传病在近亲结婚和非近亲结婚中的比例是：先天性鱼鳞症为62.7:1，少年黑朦性痴呆为36.6:1，先天性全色盲为18.4:1。
人们从无数事实中认识到血缘关系近的男女结婚，后代死亡率高，常出现痴呆、畸形和遗传病。这是因为近亲结婚的夫妇从共同祖先那里获得了较多的相同基因。这很容易使得对后代生存不利的有害基因相遇和集中（遗传学上叫纯合），从而加重了有害基因对子代的危害程度，因此容易出生素质低劣的孩子。
简单地说，我们每个人的身体中都携带着很多致病基因，这些基因都是隐性的，只有当夫妻二人同时携带这种隐性致病基因才会发病，而这些致病基因往往是有遗传性的，当夫妻是近亲时，携带相同隐性基因的几率会大大增加，因此导致下一代发病率提高。近亲结婚使隐性遗传病发病的机会增加，例如白化病、先天性聋哑、小脑畸形、苯丙酮尿症、半乳糖血症等；还可以使多基因遗传病发病率增加，常见的有脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等。
此外，统计表明，高血压、精神分裂症、先天性心脏病、无脑儿、脊柱裂、癫痫等多基因遗传病或先天畸形，近亲结婚所生的子女发病率也明显高于非近亲结婚。